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La Direction de l’Hygiène Publique et de la Santé-Environnement est dirigée par un Directeur nommé par décret pris en Conseil des ministres. Il a rang de Directeur d’Administration Centrale.
Le Directeur de l’Hygiène Publique et de la Santé-Environnement est assisté par trois (3) Sous-directeurs nommés par arrêté du Ministre de la Santé et de l’Hygiène Publique sur proposition du Directeur de l’Hygiène Publique et de la Santé-Environnement.

La Direction de l’Hygiène Publique et de la Santé-Environnement comprend de trois (3) Sous Directions :
- la Sous-direction de la Promotion de l’Hygiène Publique ;
- la Sous-direction de la Santé-Environnement ;
- la Sous-direction de la Réglementation de l’Hygiène Publique.
Elle comprend en outre :
- le Service Administratif et Financier ;
- le Service Planification et suivi évaluation ;
- le Secrétariat Technique chargé de la Formation, de la Communication et des Projets.
1 La Sous-direction de la Promotion de l’Hygiène Publique
Elle est composée de trois (3) services suivants :
- Service de la sécurité sanitaire des aliments ;
- Service de la promotion de la qualité de l’eau, de l’Hygiène des mains et de Lutte contre le Péril Fécal ;
- Service de l’hygiène en milieu professionnel et action humanitaire.
2 La Sous-direction de la Santé-Environnement
Elle est composée de trois (3) services suivants :
- le service de l’Hygiène Hospitalière, de la Lutte contre les Infections Nosocomiales et de la Gestion des Déchets Sanitaires ;
- le service des Etudes impactes environnementales et sociales ;
- le service des études en Santé-Environnement.
4-3 La Sous-direction de la Réglementation de l’Hygiène Publique
Elle est composée de deux (2) services suivants :
- le Service de la Règlementation de l’Hygiène Publique;
- le Service de la Règlementation de la Santé-Environnement.
3 Les services rattachés
- le Service Administratif et Financier ;
- le Service Planification et Suivi-Evaluation.
- le Secrétariat Technique chargé de la Formation, de la Communication et des Projets;
Ils sont rattachés à la Direction.
Chaque service est animé par un chef de Service nommé par décision du Ministre chargé de la Santé sur proposition du Directeur de l’Hygiène Publique et de la Santé-Environnement.